Zgodnie z art. 12 ust. 1-3 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej, koszty działalności Inspekcji i wykonywania jej zadań pokrywane są z budżetu państwa. Dysponentami środków budżetowych są:
• minister właściwy ds. rolnictwa, jako dysponent I stopnia - główny w stosunku do Głównego Inspektoratu Weterynarii; 
• Główny Lekarz Weterynarii (dyrektor Generalny GIW) 
- jako dysponent II stopnia w stosunku do 11 granicznych lekarzy weterynarii (dysponenci III stopnia), 
- jako dysponent III stopnia w stosunku do środków finansowych, jakie otrzymuje na funkcjonowanie Głównego Inspektoratu Weterynarii;
• Wojewodowie, jako dysponenci I stopnia - główni w stosunku do wojewódzkich lekarzy weterynarii;
• wojewódzcy lekarze weterynarii: 
- jako dysponenci II stopnia w stosunku do powiatowych lekarzy weterynarii (z wyjątkiem województwa wielkopolskiego), 
- jako dysponenci III stopnia w stosunku do środków finansowych jakie otrzymują na funkcjonowanie wojewódzkich inspektoratów weterynarii;
• powiatowi lekarze weterynarii jako dysponenci III stopnia w stosunku do środków finansowych jakie otrzymują na funkcjonowanie powiatowych inspektoratów weterynarii.

Stopnie, o których mowa wyżej (I, II, III) wskazują podległość, w tym finansową poszczególnych dysponentów. Dokładnie podległość tą można prześledzić na umieszczonym powyżej schemacie finansowania Inspekcji Weterynaryjnej.

Wszystkie inspektoraty weterynarii, a więc Główny Inspektorat Weterynarii, graniczne, wojewódzkie i powiatowe inspektoraty weterynarii, są państwowymi jednostkami budżetowymi i posiadają samodzielność finansową – otrzymują środki budżetowe od dysponentów wyższego stopnia i samodzielnie je wydatkują.


Klasyfikacja budżetowa źródeł finansowania zadań i funkcjonowania jednostek organizacyjnych IW:
część 32 – Rolnictwo, dział 010 – Rolnictwo i łowiectwo,
rozdział 01021 – Główny Inspektorat Weterynarii,
rozdział 01035 – graniczne inspektoraty weterynarii,
część 85 – Budżety wojewodów, dział 010 – Rolnictwo i łowiectwo,
rozdział 01033 – wojewódzkie inspektoraty weterynarii,
rozdział 01034 – powiatowe inspektoraty weterynarii,
rozdział 01022 – zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt oraz badania monitoringowe pozostałości chemicznych i biologicznych w tkankach zwierząt i produktach pochodzenia zwierzęcego,
część 83 – rezerwy celowe, dział 758 – różne rozliczenia
rozdział 75818 – rezerwy ogólne i celowe
rezerwa celowa na zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt (w tym finansowanie programów zwalczania), badania monitoringowe pozostałości chemicznych i biologicznych w tkankach zwierząt, produktach pochodzenia zwierzęcego i paszach, finansowanie zadań zleconych przez Komisję Europejską oraz dofinansowanie kosztów realizacji zadań Inspekcji Weterynaryjnej. Ponadto rezerwa celowa na skutki zmian systemowych wynikających z art. 94 ustawy Przepisy wprowadzające ustawę o finansach publicznych, w tym dofinansowanie wynagrodzeń wraz z pochodnymi.